Kalcit je v přírodě široce rozšířen.
V mělkých mořích nebo jezerech se často ukládá a vytváří rozsáhlé vápencové vrstvy.
Podzemní voda může rozpouštět vápenec a také reformovat kalcit, například v stalaktitech, stalagmitech a travertinu. Podzemní voda aktivní v půdě poblíž hladiny podzemní vody často tvoří kalcitové uzly rozmístěné podél určité horizontální roviny; geologové je běžně označují jako vápenaté uzliny.
Hydrotermální činností často vznikají kalcitové žíly, některé obsahují minerály a některé ne. V geodách se často nacházejí dobře-tvarované krystaly.
V uhličitanech vytvořených magmatickou činností tvoří kalcit typicky asi 80 %.
Kromě toho kalcit také působí jako cement v klastických sedimentárních horninách a jako minerál odvozený z přeměny bazických vyvřelých hornin, přispívající k různým horninám. V důsledku činnosti podzemní vody kalcitové žíly často vyplňují pukliny různých hornin.
Vápenec vzniklý sedimentací často prochází regionální nebo kontaktní metamorfózou, během níž kalcit v něm rekrystalizuje a vytváří hrubší vápencové agregáty-mramoru.